1、党委办公室 
负责局机关及所属企事业单位党的建设和基层领导班子建设；负责全市林业行业的精神文明建设和局机关及所属单位的干部考核、考评、奖惩等人事工作；负责局机关离退休干部的管理和服务工作；负责林业专业技术人员管理、职称评聘、继续教育和林业职工培训工作；负责局机关和直属单位的人事档案管理工作。 
2、办公室

负责会议组织、文件管理、信访信息、文秘事物等机关日常政务及资产管理、联络接待、文件档案、保密保卫等行政事物；负责机关综合协调、督查督办工作等。
3、财务股
指导监督育林基金、森林植被恢复费、森林生态效益补偿基金和其他资金的管理与使用；编制全市林业发展的中长期规划和年度发展计划；编制全市年度林业生产计划指标；编制和上报全省年度林业固定资产计划；负责林业重点工程的预算、决算审查和竣工验收；完成林业系统各类统计报表、执法检查和统计年鉴的编写工作；负责编报及审批年度财务收支预算；按有关规定上收林业基金；负责专项资金和各项贷款的使用管理；审核林业生产、事业资金和贷款计划及会计决算；负责省、市及外资项目等专项资（基）金和局直属单位审计工作。
4、林政股 
贯彻执行林业法律法规和方针政策；协调解决跨县市、跨行业的林权争议；依法对占用、征用林地进行审核和监督检查，收缴森林植被恢复费；负责木材运输证的管理工作；制定木材经营、加工单位和木材检查站设置规划并负责审核、监督检查；查处林业行政案件；审核木材销售计划和整车（船）运输证明；负责全市林政稽查工作；指导全市野生动植物保护、繁殖、开发利用等工作；指导狩猎工作；负责全市野生动物和森林景观为主的自然保护区的组建、审核、报批和管理工作。  
5、资源股 
组织指导监督全市森林资源（含经济林、薪炭林及其他特种用途林）管理；组织实施森林资源调查、统计、建立档案、动态监测工作，负责对全市森林的一类经理清查、二类经理清查的指导及汇总；组织编制年森林采伐限额和林木采伐、运输、销售计划，经批准后，监督执行；组织指导划定防护林、用材林、特种用途林、经济林、薪炭林；负责年度造林核查、森林资源档案管理和森林资源的统计分析及各类作业成果的审核工作；核发《林木采伐许可证》。 
6、生产股 
负责组织编制、修改、审核和监督执行森林经营方案，协调落实生产计划；组织森林抚育、林分改造、主伐利用、经营采伐、人工林解放等伐区作业调查设计和审批工作；组织造林更新、飞播、封山育林、速生丰产林等营林生产调查设计及其审核审批工作；负责国营林场苗圃建设；研究制定多种经营、木材综合利用的发展规划，负责新建多种经营生产项目的可行性研究，待建项目申报，争取贴息贷款工作；负责全市林业科技成果的初审、申报、推广应用和科技信息服务工作。 
7、穆棱市人民政府绿化委员会办公、林业工作总站
贯彻执行国家、省植树造林、封山育林的法律规程；研究制定全市植树造林规划；组织指导国土绿化、植树造林工作和全民义务植树活动；组织指导全市退耕还林工作；承担以植树种草等生物措施防治水土流失及防沙、治沙工作；指导监督全市封山育林和更新造林工作；检查验收荒山、荒地绿化工作；指导各类商品林（包括用材林、经济林、新炭林、特种用途林）、风景林的培育、管护；承担市绿化委员会日常工作。
8、穆棱市人民政府森林防火指挥部办公室 
穆棱市人民政府森林防火指挥部办公室设在市林业局。负责组织协调、指导监督全市森林防火工作；制定森林防火规划并组织实施；监督检查森林防火责任制落实情况；协调全市有关森林防火的重大问题；负责重大森林火灾的调查处理、森林防火专业队伍培训、森林防火基础设施建设、森林防火科学研究和和技术推广工作；对森林防火业务工作进行指导；负责扑灭森林火灾的调度指挥工作和协调扑救工作；承办市人民政府森林防火指挥部的日常工作。 
9、森林公安局
负责保卫辖区内森林资源、野生动植物资源和湿地资源；负责查处辖区内的各类破坏森林案件、野生动植物案件；具有对辖区内的各类破坏森林案件和野生动植物案件的刑事侦查权；负责本级森林公安队伍管理和警衔申报工作；负责组织全市的森林资源保卫工作、林区治安管理、治安综合治理工作；负责组织打击破坏森林资源和野生动植物资源违法犯罪活动的统一行动和专项斗争；适时组织执法检查；承办市林业局、市公安局、省、牡市森林公安局交办的其它工作。

10、森林消防大队

负责责任区域内的森林消防安全教育培训，普及森林消防知识；定期进行森林防火检查，督促有关单位和个人落实防火责任制，及时消除森林火灾隐患；建立森林防火检查档案，设置防火标志；定期维护保养森林消防设备、器材，确保完好有效；制定灭火作战预案，定期组织演练；指导培训半专职森林消防队

11、病防站

宣传执行森林植物检疫条例和森林病虫害防治条例；负责全市各林场、乡镇及有林户病虫鼠害的预测预报工作；负责各林场的病虫害防治工作及各乡镇有林户的业务指导工作；全市各乡镇、林场及有林户的产地检疫和调运检疫；搞好共和乡与吉林交界处的美国白蛾的监测工作。

12、产业办

负责起草林业产业发展政策，调研林业产业状况，为领导决策提供科学依据；为林业产业保驾护航，检查执法单位有无违规现象；组织本科室人员学习林业法律法规，提高服务水平，增强服务意识；开展优秀林木企业评比工作，协助有关部门做好企业品牌认证和龙头企业上报工作；争取上级林业产业政策范围内的林业产业资金申报工作；负责全局木材经销管理工作。 

13、劳资股

负责工资管理和工资调整工作；养老保险和医疗保险的测算和申报；技术工人考核管理。技工等级晋升审核申报、技工继续教育。

14、森调队

负责施业区范围内从事森林资源、野生动植物资源、湿地资源、荒漠化土地调查监测评价；森林分类区划界定；占用征收林地可行性报告编制；森林资源规划设计调查；实施方案编制；林业作业设计调查；营造林设计：林业数表汇编。

15、驻政务超市林业窗口

负责全市木材运输证、植物检疫证、防火期入山证的办理。